Ekologisk animalieproduktion har ett större foderspill än de konventionella. Det beror bland annat på ökad utfordring utomhus där fåglar, råttor och andra djur enklare kommer åt fodret. Andra orsaker till spill vid utomhusutfodring är att allt inte kommer i krubborna som avsett. Det kan vara vinden som påverkar eller dålig kontroll på utrustningen vid utfordring. Regn och fukt kan också vara ett problem om inte foderautomaterna är helt anpassade för regn och vind.
I en utvärdering om foderspill i ekologisk animalieproduktion har man kommit fram till att spillet minskar om utfordring sker frekventare och med mindre mängd per gång. Foderautomater och krubbor ska ha runda hörn och rengöras frekvent.
Många ekologiska animalieproducenter har egen foderproduktion och där gäller det att vara mycket noga med hygienen.