En fullfodervagn körs flera gånger per dygn året runt och måste alltid fungera. För att säkerställa det har de flesta ett system för underhåll och service men det många glömmer är att rengöra vagnen och dess delar frekvent.

I en fullfodervagn kan det komma med svampar med foderingredienser. Om dessa sitter fast på samma ställe en längre tid kan det blidas giftigt mögel, något som kan ställa till det i mjölkproduktionen.
Gammalt foder i vagnen kan även smitta nytt foder.
Hur fodervagnar rengörs varierar från gård till gård. Några tvättar vagnen noga både in och utvändigt en gång per vecka med högtryckstvätt. Detta är att föredra enligt representanter som säljer fullfodervagnar.
Men en del tvättar bara utsidan som folk ser och en del nöjer sig med att då och då riva ner foder som hänger kanterna.
Det är även viktigt att se till så inget gammalt foder sitter kvar på blandningssystemet i vagnen.